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超高密度基因分型一站式方案：低深度全基因组重测序（LcWGS）

方案介绍

育种芯片仅基于已有位点信息，对待测群体进行基因分型。然而，育种芯片检测位点有限，无法满足高精度定位需求。此外，SNP芯片只能检测已知突变，无法检测待测群体中的未知突变，具有滞后性。格致博雅低深度全基因组重测序技术体系（LcWGS）无需预设，可检测群体中的未知突变，并适用于各物种/品种。基于 LcWGS提供的全基因组水平高密度基因分型结果，可进一步拓展全基因组关联分析、全基因组选择育种等下游应用。

 

应用场景

全基因组选择育种（群体基因型数据采集）、全基因组关联分析（GWAS）、群体进化分析

检测流程

合作模式

模式1：猪/牛样本7天快速交付

格致博雅自建高水平基因型填充参考面板信息

模式2：成熟的定制化检测模式

定制化检测需要基于本物种代表性个体高深度全基因组测序数据，构建基因型填充参考面版，具体检测方案如下：
（1）确认送检物种，有参考基因组的物种均可
（2）确认送检样本量，建议z500，越多效果越佳
（3）1xLcWGS
（4）群体结构分析

（5）基于群体结构信息，挑选各亚群内代表性个体进行高深度测序，用于构建基因型填充参考面板。进一步基于参考面板进行填充，获得全基因组范围高密度SNP 标记。

定制化基因型填充参考面板构建要点

 

服务优势

 

 

案例分享

某大基因组经济作物，共370例样本进行1X LcWGS测序，根据群体结构分析，共选取96个个体进行30X高深度测序构建参考面板。利用参考面板对1X LcWGS 数据进行填充，其基因型一致率为0.966，基因型相关性为0.979。

群体结构分析示意图

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